2012年07月19日

AICc

Iwasakiさんから紹介のあった、
Burnham, K. P., Anderson, D. R. & White, G. C. Evaluation of the Kullback‐Leibler Discrepancy for Model Selection in Open Population Capture‐Recapture Models. Biometrical Journal 36, 299-315 (1994).Evaluation of the Kullback leibler Discrepancy for model selection
を読んでみた。S谷さんのところに行くついでに、統数研で先週コピー。論文中では、Capture-recaptureモデルに対して、真のモデルから外れるバイアスを実際にシミュレーションで数値計算して、それと正規分布を仮定して導かれるAICcの中の補正項(上記のバイアス補正)との比を取っている。その比が1くらいなら、AICcをCapture-recaptureモデル(多項分布を仮定;最近輪読しといて良かった。ファイルは飯島さんのところで柴田担当のとこ)で使っても良いのでは、ということのように読めます。この段階では、ポアソンとか二項分布を仮定した補正というわけではなく、あくまで数値計算の結果。ちなみに著者らが引用している文献では、正規分布を仮定してAICcを導出しています。
Hurvich, C. M. & Tsai, C. L. Regression and time series model selection in small samples. Biometrika 76, 297-307 (1989).

いっぽう、ロジスティック回帰をするときやポアソン分布を仮定したときの正確な補正項については例えば下記に書いてあるように思っています。
Yanagihara, H., Sekiguchi, R. & Fujikoshi, Y. Bias correction of AIC in logistic regression models. Journal of Statistical Planning and Inference 115, 349-360 (2003).

Yanagihara, H., Kamo, K., Imori, S. & Satoh, K. Bias-corrected AIC for selecting variables in multinomial logistic regression models. Linear Algebra Appl (2012).

Imori, S. General Formula of Bias-Corrected AIC in Generalized Linear Models.

Kamo, K., Yanagihara, H. & Satoh, K. Bias-corrected AIC for selecting variables in Poisson regression models. Comm. Statist. Theory Method (2011).

この辺をきちんと勉強して、predictive AICになんとかオリジナルなところを付加出来ないか思案中。

ところで今日は誕生日。ようやく27になりました。色々仕事が残っていますが、とりあえず今夜は飲んできます。
posted by しばきん at 18:03| 神奈川 ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | 研究生活 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2012年07月09日

帰省一日目

先日の統数研のセミナーは僕にでもわかる話が2題、1つはよくわからなかった。S谷さんも首をひねっていたので、何故か安心する。いや難しいって。

今日から実家。夜行バスで朝6:00に姫路に到着。帰るたびに色々と様変わりする地元。
午前中はまず、実家に出来たアシナガバチの巣の駆除。まさかの三個。どんだけ放置してんねん。
自分の釣り道具の整理と、食器の運び出し。それから寝具を倉庫(@母の旧家)への運搬。

午後は倉庫にて、自分の本の整理。それから、大変お世話になったおっちゃんの釣り道具の始末。
ここにもアシナガバチの巣があったのでついでに駆除。
帰ってから、駆除した巣からハチの子を絞り出す。
素揚げにして今日の夜のおつまみにする。

posted by しばきん at 20:10| 神奈川 ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | 日記 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2012年07月06日

まだ詰みません

とりあえず今月やるべきことを整理せねば。
・Matrix populationゼミ第6章発表準備(結構大変)
・S谷さんと研究相談準備(ことは慎重に)
・トップジャーナルゼミ準備(精読)
・実家取り壊し大作戦につき片づけ手伝い(来週一週間潰れる)
・D総研試験(少しくらい勉強したい)
・今月中に次の論文案とその予測結果をまとめる(のちボスに提出。でもボスは今月も来月もほとんどいない。本当にいない)
・7/22H川さん主催輪読担当20章(ほぼ終わり)

ええと、今日は今から統数研で行われる下記の点過程のセミナーに参加。

バスと電車の中で出来ることは・・・、D総研とmatrixかな。
これに加えてきっとN野さんからいきなり今月のメルマガ原稿が送られてくるに違いない。
実家で潰れる一週間が大きい。夜の間に作業を詰め込むしかない。しかしその時間はたいせつな幼馴染(酒屋)との日本酒を飲み交わす時間・・・うーん必至なのか。
posted by しばきん at 10:56| 神奈川 ☔| Comment(0) | TrackBack(0) | 研究生活 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2012年07月03日

輪読会終了

久々の更新。最近のことを徒然と。
先週の木金にあった中央水研での輪読会の準備に最近は忙殺されていた。使った主催者の飯島さんのHPに載せてあるみたいです。とりまとめありがとうございました。

木曜日は上記の懇親会、金曜日は京大から友人が来て馬鹿騒ぎ、土曜日は北大時代に一緒にバカをやっていた連中と馬鹿騒ぎ。そういうわけで今週は、同じ部屋のペルー人にもらったスコッチウィスキー(愛するラフロイグ!)を我慢する。

今日は昼休みにバスケでラリアットを口にかまされ、ゴール下のやりあいで顔面にボールが直撃しメガネが吹っ飛び、コート外のボールを取ろうとしてネットを踏んで思いっきりコケて色々打撲し、それで退場宣言をして外に出ようとしたときに、うっかり僕にパスをしてしまったようでそれが胸に直撃した。散々だった。しかし楽しかった。皆体力がついたのか段々巧くなってきているみたい。僕以外の男連中は自主練しているのではないか、というくらい巧くなっている。ううむ、ジョギングやめてドリブルの練習しようかな。

今日のMatrix populationゼミ。分からないところは分からないと呟くだけでなく、ここが分からないので教えてください、くらい言ってほしい。ゼミなのでもっと活発に議論したい。せっかくそれぞれの時間を持ち寄るわけだから、無駄にしたくはない。
posted by しばきん at 21:42| 神奈川 ☔| Comment(0) | TrackBack(0) | 研究生活 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2012年06月15日

統計勉強会

昨日は突発的に飲み会が発生。研究室にいるアレックス(ペルー人)と話が盛り上がってしまって、後輩を巻き込んでの飲み会。ボスも誘いたかったのだが、出張中だった。公用語は英語での飲み会。その他の言語を喋ると10円罰金(←優しいなぁ)という中で、龍と竜の違いを後輩が一所懸命アレックスに説明していた。あと、今や日本の文化とさえも言われる(??)萌えについても英語で議論。後輩の皆には、英語を喋る良い機会になったのではないかと思う。

楽しすぎて、今日の朝は昨日の酒が残ってしまった。仕方ないので九州へ行く○子さん(クロアチア人)の送別会の準備に充てる(ワタクシが幹事)。皆さんに確認メールを送ると、敬語の使い方でOBの方からご指摘を頂く。恥ずかしながら、敬語については全く知らないと言っても過言ではなく、勉強する必要性を強く感じた。ありがとうございます。

午後は統計ゼミ。Rのパッケージを使用禁止にしたので、皆さん一所懸命に群内平均やら群間平均を計算してらっしゃる。これでちょっとでも中身を理解してくれると嬉しい。本当は独立変数が2つ以上の場合まで、進めたかったが、色々あって進まなかった。次の月曜で終わらせたい。疲れた。
ゼミ後、いつも授業で忙しい後輩が、(英語を喋るために僕やアレックスと)来週の月曜日お昼一緒に行きましょうと、向こうから誘ってくれたのは非常に嬉しかった。
ラベル:統計学
posted by しばきん at 18:13| 神奈川 ☁| Comment(0) | TrackBack(0) | 研究生活 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2012年06月14日

種やサイズを選択して漁獲すると漁獲量・資源量・多様性が下がることもある

Garcia, S. et al. Reconsidering the consequences of selective fisheries. Science 335, 1045-1047 (2012).

普通、漁業を行う際は法的な規制や経済的な理由等によって、漁獲対象種とそのサイズを選択して漁業を行う。産卵前に漁獲しないようにし、混獲を避けて対象種だけを漁獲する国際的なガイドラインも決められている。いっぽうで、選択的な漁業を行うと対象種の齢構成の変化や、その生態系の構造や多様性等が変化する可能性がある。それでは、実際にはそれらが変化することでどのような影響が出るのか?ということで、選択的に漁獲した場合と非選択的に漁獲した場合を比較して、漁獲対象種全体の漁獲量、資源量、そして生態系の種多様性に与える影響を調べている。

30の海洋生態系を用いて、それらの海洋生態系の動態を巧く再現するモデルによる解析を行った。魚種やサイズを選択して漁獲した場合と、非選択的な漁獲を行った場合(ただし微小な細菌等は漁獲しない)に分けて、各生態系に含まれる漁獲対象種全体の漁獲量、資源量、種多様性が受ける影響を調べている。その結果、選択的な漁獲によって生態系の種多様性に大きな害を与えないためには、漁獲量を極めて低水準に抑え、経済的な持続可能性を失わなければならないことが示唆された。いっぽうで、非選択的に漁獲を行う場合は、比較的大きめの漁獲率でも漁獲量は高く維持されていた。非選択的な漁獲の中でも、各魚種の資源状態だけで漁獲圧を決めず、他種の取り分も考慮して生態系のバランスを保つ漁獲を行った場合(たぶんこういう解釈だろうと思われる)は、低い漁獲圧で大きな目標を達成していた。

しかし、Supplementaryを読んだだけでは、どういう解析をしたのかが分かりづらく、従ってどのように解釈していいのかよく分からない。例えばProduction と Yieldの違いなんて、僕には良く分かっていないのだが、本文中では使い分けている。使っているモデルのHPでは、Productionが他の生物との関係も入れた生産力で、Yieldが漁業で獲られた漁獲量だと思われたので、そのように解釈したが少し不親切だと思った。

朝4時からやっていたので、17:00には帰宅。夜が長いと何故か不安になる今日この頃。
posted by しばきん at 14:33| 神奈川 ☀| Comment(0) | TrackBack(0) | 研究生活 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする

2012年06月12日

統計ゼミ

朝は次のメルマガの論文読み。なんだか英語にクセがあって、少し読みづらかった。Supplementaryはそうでもないのに。今日中に第一稿をまとめたい。

昼は20分くらいバスケをして、統計ゼミ。最近毎週火曜の昼休みがバスケの日になっている。研究室間の交流も増えていい感じ。企画者のI田さんありがとうございます。Rのコードがなかったのが残念。しかし、作図をしていたのはナイス。このまま上達していってもらいたい。

人によるが、分からないところがどこなのか自分で分かる、という能力が少し欠けている気がする。ここが分かりません、とまるまる持ってこられても、それはこちらに負担をかけていることを想像してほしい。貴方達の先生はボスでも、僕でもなく、グーグルだと言っておいた。ボスはスーパーバイザー、僕はアドバイザー。まずTeacher グーグルに聞いてみる、というクセをつけてほしい。その上で、先輩や周りに聞く、という習慣を研究室で統一させたい。義務教育は中学で終わっている。

そういえば論文を再投稿したのがUnder review状態になっていた。念を送っておく。
posted by しばきん at 18:09| 神奈川 ☔| Comment(0) | TrackBack(0) | 研究生活 | このブログの読者になる | 更新情報をチェックする
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